Nordhaven liegt in der norddeutschen Tiefebene an der Einmündung der Nebelau in den großen Strom der in die Westsee mündet. Größtenteils liegt Nordhaven auf einem Geestrücken der hier nah an
die Ufer reicht und bei Sturmfluten Schutz vor dem Wasser bietet. Lediglich der Hafen und einige Gebäude in Hafennähe sowie die landwirtschaftlichen Gebäude liegen im fruchtbaren Marschland.
